布鲁菌感染小鼠RAW264．7细胞对IRGl基因的表达调控作用

针对小鼠RAW264．7细胞IRGl基N设计4个RNA干扰靶位,筛选出最佳干扰序列构建shRNA慢病毒载体质粒并包装获得慢病毒颗粒,进而经嘌呤霉素筛选获得稳转细胞系,实现IRGl基因在RAW264．7细胞基因表达的沉默。并通过布鲁菌l6M株及M5株感染基因沉默细胞对IRGl基因在布鲁菌感染中的作用进行研究。结果表明,慢病毒介导的shRNA高效、稳定地沉默了IRGl基因的表达,布鲁菌侵染RAW264．7细胞后IRGl基因表达上调。未试验为1RG1基因及相美调控基因抗布鲁菌病作用研究奠定了基础。     

水牛RNA聚合酶Ⅲ启动子的克隆与鉴定

[目的]获得有效的水牛RNA聚合酶Ⅲ启动子序列,为开展水牛源细胞的基因特异沉默研究奠定基础.[方法]通过启动子上、下游保守序列对水牛源启动子7SK、U6进行克隆和启动子关键顺式作用元件识别,利用一段针对EGFP的shRNA片段（shEGFP）对水牛7SK、U6启动子进行功能性分析,然后分别在水牛源及鼠源细胞中与pEGFP-N1共转染,转染48h后用荧光显微镜检测EGFP的表达情况,并用流式细胞仪和荧光实时定量PCR检测EGFP沉默表达情况.[结果]克隆获得水牛7SK、U6启动子序列分别为430和357 bp,其OCT-1（或CACCC盒）及TATA盒高度保守.连接shEGFP后与pEGFP-N1共转染细胞,通过荧光显微镜可观察到细胞发生了明显的荧光表达沉默现象;通过流式细胞分析,发现水牛7SK和U6启动子引导的shEGFP在水牛源细胞中沉默效率高达93.82％和87.45％;荧光实时定量PCR检测结果显示,在转染bu7SK-shEGFP和buU6-shEGFP的水牛源BFF细胞中,EGFP表达水平均显著低于其他物种启动子的细胞转染组（P＜0.05）,而在鼠源PT67细胞中,水牛启动子的启动效率与其他物种启动子差异不显著（P＞0.05）.[结论]水牛7SK和U6启动子可高效启动shRNA表达,且具有一定的物种特异性.     

RNA二级结构预测算法的研究进展

在简要介绍了RNA的基础知识之后,对RNA二级结构的定义、表示方法、数据库等内容进行了详细阐述,并重点探讨了RNA二级结构预测方法的原理、适用范围及优缺点.目前,传统的RNA二级结构预测方法有比较序列分析法和最小自由能算法;新进发展的算法有支持向量机算法、基于堆积协变信息与最小自由能算法、基于局部茎搜索的算法、基于快速动态权重匹配算法、免疫粒子群算法、基于茎区的自由能算法、质心法.经过预测精度、复杂度、预测假节能力的对比,发现基于堆积协变信息与最小自由能算法和基于快速动态权重匹配算法,预测结果比较理想.     

RNA二级结构预测算法的研究进展

在简要介绍了RNA的基础知识之后,对RNA二级结构的定义、表示方法、数据库等内容进行了详细阐述,并重点探讨了RNA二级结构预测方法的原理、适用范围及优缺点。目前,传统的RNA二级结构预测方法有比较序列分析法和最小自由能算法;新进发展的算法有支持向量机算法、基于堆积协变信息与最小自由能算法、基于局部茎搜索的算法、基于快速动态权重匹配算法、免疫粒子群算法、基于茎区的自由能算法、质心法。经过预测精度、复杂度、预测假节能力的对比,发现基于堆积协变信息与最小自由能算法和基于快速动态权重匹配算法,预测结果比较理想。     

真菌RNA沉默研究进展

阻抑(Quelling)与减数分裂沉默(Meiotic silencing by unpaired DNA,MSUD)等真菌RNA沉默(RNA silencing)现象的研究拓展了我们当前对基因表达调控的认知。随着测序信息量的爆炸性增长与功能研究的不断深入,真菌RNA沉默展示出的复杂与多样为真核生物研究提供了全新的视角。本文就当前真菌RNA沉默及相关小分子RNA(Small RNA,sRNA)的研究现状做一简要概述。     

斑点叉尾趋化因子SCYA126基因及其可变剪接

通过探针杂交筛选斑点叉尾(Ictalurus punctatus)BAC基因组文库,利用引物步移的方法对阳性克隆BAC047 K12进行序列测定,得到2 815 bp的SCYA126基因组序列。序列分析表明,SCYA126基因由2个外显子和1个内含子组成;外显子拼接的序列与SCYA126cDNA序列完全一致,编码92个氨基酸,在N端含有2个相邻的半胱氨酸(CC)和2个不相邻的半胱氨酸,为典型的CC趋化因子亚家族成员;其上游调控序列包含TATA框启动子序列和一些与免疫相关的转录因子结合位点。另外,根据与GenBank接收号为BM029630的EST序列的比较分析,发现SCYA126基因组中的内含子没有被剪接,导致翻译后可能产生N端部分缺失的SCYA126蛋白。在胰脏和肝脏中确认了高表达的包含内含子的mRNA的存在,而且其表达量要明显高于正常剪接的SCYA126mRNA。[中国水产科学,2007,14(1):1-7]     

淡水育珠蚌的RNA提取与RT-PCR分析

介绍了一种适用于淡水育珠蚌的高质量RNA提取方法,并进行RT-PCR分析,具有简便快速、适用性广等特点。     

饥饿和补偿生长对史氏鲟幼鱼摄食、生长和体成分的影响

报道了饥饿和再投喂对史氏鲟幼鱼摄食、生长以及生化组成的影响.22±2℃条件下,随着饥饿时间延长,幼鱼白肌的RNA/DNA比值不断减小,体重逐渐下降,后者与同期对照组之间存在极显著性差异(P<0.01).饥饿7d,鱼的肝糖原和肌糖原含量显著降低(P<0.05),但随着饥饿时间的延长,肝糖原和肌糖原含量则出现不同程度的回升;脂肪含量和蛋白质含量分别在饥饿14d和21d时下降幅度最大,提示史氏鲟幼鱼动用储存物质的顺序依次是糖原、脂肪和蛋白质.而饥饿过程中鱼体水分和灰分含量则有所上升.恢复投食后,饥饿幼鱼的摄食强度增大,生长加快,其中7d、14d饥饿组幼鱼的RNA/DNA比值达到或接近正常投喂组水平,但21d饥饿组的比值仍明显低于正常投喂组(P<0.05).恢复投食30d后,7d和14d饥饿组幼鱼体重接近对照组(P>0.05),21d饥饿组的终体重未能赶上对照组(P<0.05),这表明史氏鲟幼鱼的补偿生长随饥饿时间不同而异.试验结束时,各处理组鱼体生化组成与正常投喂组没有显著差异(P>0.05).     

RNAi-基因沉默的分子机理

本文介绍了RNA干扰造成基因沉默的几种小分子RNA的类型和作用机理，以及RNA干扰的应用前景及不同方法合成的小分子RNA对动物机体免疫系统的影响。     

Digestive protease activities and free amino acids in white muscle as indicators for feed conversion efficiency and growth rate in Atlantic salmon (Salmo salar L.)

The aim of the present experiment was to screen several biochemical indices in fish and their interrelations in order to select variables for future studies of growth rate and feed conversion. Several parameters [trypsin activity, chymotrypsin activity, free amino acids (FAA) in plasma and white muscle, and RNA and RNA/protein ratio in the white muscle] were measured together with specific growth rate (SGR), feed intake and feed conversion efficiency (FCE) in four groups of diploid or triploid Atlantic salmon (Salmo salar L.) reared under different light regimes. SGR was measured on individually tagged fish, whereas feed intake and feed conversion was estimated on tank basis. A principal component analysis (PCA) explained 80.6% of the variance in the data, using all measured parameters, regardless of ploidy and light regime. Muscle free hydroxyproline showed the highest correlation, alone explaining 55% of SGR variability. The SGR also significantly correlated with trypsin activity (r=0.34), the activity ratio of trypsin to chymotrypsin (T/C) (r=0.39), plasma essential FAA (EAA) (r=0.39), plasma total FAA (TFAA) (r=0.37), the ratio of essential to non-essential FAA (EAA/NEAA) in the white muscle (r=–0.45), muscle RNA (r=–0.45) and RNA/protein ratio (r=–0.41). Tank FCE correlated positively (r=0.97) with SGR, T/C ratio and muscle free hydroxyproline, and negatively (r=–0.90) with muscle EAA/NEAA. The groups reared under continuous light (LL) regime showed significantly higher SGR than simulated natural photoperiod (SNP) groups, and with an apparently higher FCE. A higher growth rate was associated with either a higher consumption rate and/or a higher feed utilization. A negative correlation between muscle RNA concentration and SGR may indicate that increased growth rate under LL regime was not caused by an increased protein deposition rate.